мне кажется, где-то на форуме уже было... вариантов несколько:
1. по-очереди
2. есть такая штука, как SVN (http://subversion.tigris.org/), почитай... правда на английском.
3. предположение. работать на одинаковых слоях, а потом копировать все в одну карту.